Jan Marginus Somer is op 22 oktober 1899 in Assen geboren. Hij doet in 1916 eindexamen HBS en wordt toegelaten op de cadettenschool in Alkmaar, bestemd voor de dienst in Nederlandsch-Indië. Daarna gaat hij naar de Koninklijke Militaire Academie in Breda. In juni 1921 wordt hij bevorderd tot 2de luitenant en gedetacheerd bij de IIIde divisie in Bergen op Zoom. Hij komt bij het KNIL in Indië en wordt in 1928 leraar aan de KMA. Naast zijn werk bij de KMA volgt hij de opleiding Indologie aan de Universiteit van Utrecht; in 1932 slaagt hij voor het doctoraalexamen. In juni 1933 wordt hij bevorderd tot kapitein.

Na het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog begeeft Somer zich vrijwel direct in het verzet. Met een aantal oud-leerlingen van de Koninklijke Militaire Academie legt hij koerierslijnen aan naar Zwitserland en Spanje. Zelf werkt hij tot 12 maart 1942 in Nederland.
Met huklp van de familie Van Niftrik steekt hij bij Putte de Belgische grens over. Hij bereikt Zwitserland en via Suriname, Curaçao en de Verenigde Staten komt hij in januari 1943 in Engeland aan, waar hij in maart 1943 tot hoofd van het Bureau Inlichtingen wordt benoemd. Hij is voornamelijk belast met de opleiding van agenten en met het contact met het bezette Nederland;

In mei 1943 wordt het hem duidelijk dat er met de door de Engelsen in Nederland neergelaten agenten iets aan de hand moet zijn. Dat is de ontdekking van wat later het Englandspiel van de Duitsers blijkt te zijn. In mei 1945 wordt hij naar Nederland gestuurd met de opdracht het Bureau Inlichtingen af te wikkelen. Met betrekking tot de deelnemers aan het Englandspiel verklaart hij later in een interview: "de Parlementaire Commissie moet dit gruwelijke marionettenspel, waarvan J. Schreieder de touwtjes in handen had, zo snel mogelijk uit de doeken doen. Wie garandeert ons, dat na de verkiezingen niet dezelfde mensen deel zullen blijven uitmaken van de commissie? Het gevaar bestaat dat dan de gehele zaak weer ter hand genomen zou moeten worden door eventuele opvolgers."
Tijdens het proces tegen Anton van der Waals treedt Somer als getuige-deskundige op. In 1948 en 1949 is hij in Nederlands-Indië, in de rang van kolonel, directeur van het Corps Militaire Inlichtingen.

Somer is op 79-jarige leeftijd overleden en is op 7 april 1979 begraven op de Noorderbegraafplaats te Hilversum.

Onderscheidingen:
* Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw
* Bronzen Kruis
* Kruis van Verdienste
* Officier in het Legioen van Verdienste (Verenigde Staten)
* Officier in de Orde van Leopold II (België)
* Officier in de Orde van het Britse Rijk (Verenigd Koninkrijk)
* Officier in het Franse Legioen van Eer (Frankrijk)